漢方では、頭痛・肩こりの原因を、「瘀血による血行不良の場合」、「ストレスなどによる気の滞り（気滞）の場合」、「風湿の邪やかぜ、冷えの場合」、「胃の水滞と冷えの場合」に分けて考えます。
瘀血の場合は、漢方薬などで瘀血を除き、下半身を冷やさないようにし、首や肩、頭への血行を良くする治療をします。また、このタイプの女性では月経の時に症状が強くなる傾向があります。気滞の場合は、イライラや緊張により頭痛、肩こりを起こすため、気の流れを改善する治療をします。風湿の邪やかぜ、冷えが原因する場合は、体を温め、首や肩から発汗することによって風湿を除きます。胃に冷えと水滞のある場合は吐き気を伴うことが多く、胃を温めて水滞を除くことで治療をします。
頭痛は重大な疾患の可能性もあるため、重篤な場合は、必ず専門医を受診しましょう。
葛根湯：首や肩をほぐし頭部の血行を促して頭痛、肩こりを治療する。かぜの初期や寝違えなどによい。いずれも無汗が特徴
葛根湯加川芎辛夷：慢性鼻炎や蓄膿症がある場合の頭痛、肩こりに
桂枝茯苓丸/桃核承気湯：瘀血が原因で、冷えのぼせ、イライラなどがある場合の頭痛、肩こりに。特に女性の場合は月経の不調があり、月経時に頭痛を起こしたり、肩こりがひどくなるものに効果がある。便秘があり、のぼせ症状の強い場合は桃核承気湯を用いる
加味逍遥散：イライラ、動悸、精神不安、めまい、不眠を伴う頭痛、肩こりに
当帰芍薬散：冷え性で、貧血、倦怠感のある場合に。女性の場合は、冷え症で、月経時に頭痛が起きるものに効果がある
大柴胡湯：血圧が高めで便秘があり、首～肩～背中までこっている場合に
呉茱萸湯：体、特に胃が冷えて起こる激しい頭痛で、吐き気を伴うものによい
首を冷やすと首・肩こりがひどくなるため、布を首に巻くなどして、体温を逃がさないようにします。漢方薬やツボ刺激、ストレッチなどで、首や肩の緊張をほぐし、頭部や上半身の血行をよくしましょう。また、ぬるめのお風呂でゆっくり温まり、血行を促します。冷えによいヨモギやドクダミ、干葉（ダイコンの茎や葉を干したもの）などを浴剤として入れるとより効果的です。
頭痛・肩こりには、原因を問わず、発汗作用があり、首や肩の緊張をほぐしてくれるクズ粉がお勧めです。お湯を注いでクズ湯にすれば手軽に飲めます。ショウガやシナモンを加えると一層効果的です。またその際は、発汗を促すため首や肩にタオルを巻きましょう。気滞が原因の場合は、心を落ち着かせる作用のあるシソやユリ根入りの粥を食べたり、クズ湯にシソを入れたりします。イライラや緊張が強い場合は、ラベンダーやミントのお茶がお勧め。瘀血が原因の場合は、ベニバナやサフランを。また、セロリ、トマト、セリなどのぼせを取る食べ物もとりましょう。胃腸の冷えと水滞には、ショウガ、ハッカク、クローブなどがお勧めです。